Nació en Cartagena de Indias el 11 de febrero de 1776, hijo de Don Manuel Tono, y Doña María Llopiz. A sus escasos 15 años ascendió a pilotín de número un 9 de diciembre de 1791 en la isla de León. En 1792 hizo parte a bordo del bergantín "alerta" en la expedición de rectificación del atlas marítimo de la América septentrional a ordenes del Sr. CN Francisco Fidalgo, travesía cuyo destino inicial era la isla de trinidad de barlovento, arribando a Cartagena de Indias en junio de 1794. A partir de ese momento establece un centro de operaciones desarrollando su labor hidrográfica por 16 años.  El 30 de junio de 1803 de la mano de María Teresa Ramírez de Arellano decide formar un hogar en su ciudad natal.

Asciende al grado de alférez de fragata el diez de enero de 1811, ese mismo año siendo comandante de la división marítima del magdalena con la cual batió la batería de Guaymaro, y forzó el paso del río frente al cerro de san Antonio; Un año mas tarde viaja a Jamaica a dar la noticia de independencia. En 1813 conduce de santa marta a Cartagena la corbeta indagadora, presa por el coronel Labatú. Al siguiente año es nombrado por segunda vez comandante de las fuerzas sutiles de magdalena con 30 buque de guerras. El 15 de octubre de 1815 es ascendido a capitán de fragata año en que se desempeño como comandante de una división sutil apostada en la ciénaga de Tesca sitiada en ese momento por el General Morillo, igualmente el 5 de diciembre fue puesto preso por los españoles hasta el 5 de septiembre de 1817. El 28 de marzo de 1822 fue nombrado director de la escuela náutica al haber ascendido por segunda vez a Capitán de fragata. Fue jefe de estado mayor de la escuadra que combatió en la batalla de 24 de julio de 1823 en el lago de Maracaibo, y por sus servicios distinguidos en esa campaña fue ascendido a Capitán de Navío el 6 de septiembre. En adelante se  desempeño como comandante general del tercer departamento de marina, mayor general del departamento y mas tarde como comandante general sin descuidar su cargo como director de la escuela náutica entre el año 1824 y el año 1831 cuando fue nombrado representante al primer congreso constitucional de 1833, de allí paso nuevamente a la dirección de la escuela náutica. El 31 de agosto de 1835 por disposición del presidente General Francisco de Paula Santander finaliza todos sus cargos en base a la ley de gastos del primero de septiembre por no contemplar los sueldos del comando del apostadero de marina de Cartagena, ni de la dirección de la escuela y el depósito hidrográfico. Siguió su carrera militar pasando al depósito de inválidos con dos tercera partes de su sueldo. En 1841 improviso una escuadra lanzándola a la atrevida proeza de destruir la flota federal, obteniendo una victoria el 15 de diciembre en la bahía de Cispata. Lo anterior la valió el ascenso a general de ejército , y un año más es ascendido a general de la marina. El 25 de noviembre de 1845 fue suprimida la armada nacional por razones económicas y por falta de enemigos por combatir sin embargo esto no impidió que combatiera contra la dictadura del general José Maria Melo como comandante de la tercera brigada de la segunda división del ejército constitucional del norte al mando de Mosquera. El 31 de diciembre de 1854 después de haber dedicado su vida entera a la mar y a su patria fallece en Cartagena de Indias el prócer de la independencia general de marina Rafael Tono Llopiz.